I’m afraid so.

意味：

残念ながらそうだと思います。

誰かが言った残念なできごとに
「残念ながら、そうだと思います」
と同意するときに、
ネイティブがいう一言！

少し丁寧ないいまわしです。

彼、欠席なんですかね。
→I’m afraid so.

連絡があったから、
残念ながら、そう（＝欠席）だと思います。

借りてたDVD、返し忘れてたんですが、
延長料金かかりますか？
→I’m afraid so.

申し訳ないんですが、
そう（＝延長料金発生する）なります。

言いづらいことを言うので、
ちょっと残念そうに、
申し訳なさそうに言うのがポイントです！